Pas d'accord non plus...

Maître d'équipage = bosco, OK pas de souci.
Quartier maître (le terme se retrouve souvent dans les documents/sources relatifs aux équipages pirates, et d'autres aussi) = interface entre les marins et le capitaine itou (il est le porte-parole des premiers auprès du second).
Donc : Maître d'équipage = bosco = quartier-maître, donc s'il y a un quartier-maître, il n'y a pas de maître d'équipage. Par contre, est-ce que la différence de termes est propre à certaines marines (piraterie, marchande, de pêche, militaire) ?
On le voit d'ailleurs dans Black Sails comme dans L'île au trésor : il y a un capitaine, éventuellement un second, et un quartier-maître (dans Black Sails, il est d'ailleurs bien élu par l'équipage comme contre-pouvoir.) Et le second et le quartier-maître sont toujours bien distincts.
Constat d'ailleurs : quand on fouille sur le net, on remarque que les statuts des uns et des autres changent selon la marine considérée, sa nationalité, etc. (en particulier dans les marines militaires). Par contre, les sources historiques sur les pirates font en général (pas de règle immuable, hein) état d'un capitaine et d'un quartermaster élu par l'équipage (en principe). Voir là-dessus le témoignage d'Oexmelin, le bouquin de Dafoe ou les études de Gilles Lapouge (de mémoire).
...cela dit, dans Pavillon Noir, c'est peut-être effectivement différent (aucun souvenir de ça), ce qui serait étonnant vu que dans mon souvenir c'est un jeu particulièrement bien fouillé.